Көне дәуір шағаласын қорғау мақсатында қазақ орнитологы, ғалым Ернар Әуезовтің ұсынысымен 1971 жылы «Реликті шағала» қорықшасы құрылды. Бұл өлкенің табиғатын қорғау мақсатын орындаудағы алғашқы қадам еді. Қорықты құрылу туралы ұсынысты Кеңестік Социалистік Республикалар Одағы Ауыл шаруашылығы министрлігінің Табиғат ғылыми зерттеу институты және Қазақ Кеңестік Социалистік Республикасының Ғылым академиясы берген болатын. Алғашқы жоспар бойынша Алакөл қорығының аумағы 120 мың гектар мөлшерінде болған. Қорықтың құрылуы 1986 жылға жоспарланған, алайда, бірнеше себептермен кейінге қалдырылды. Қазақстан Республикасы Үкіметінің 1998 жылғы 21 сәуірдегі №355 Қаулысымен отарлық және суда жүзетін құстардың ұя салу орындарын сақтау мақсатында орнитологиялық және сулы-батпақты бағытында Алакөл мемлекеттік табиғи қорығы құрылды. Сонау 1968 жылы Ернар ағамыз Алакөл көліндегі аралдарда көне дәуір шағаласын алғаш кездестіргеннен бері 30 жыл уақыт өткеннен кейін көптен күткен қуанышты күнге айналды. «Шағала мырза» атанған Ернар Мұхтарұлының да арманы орындалды. Қорықтың орталық кеңсесі Алакөл ауданының бас қаласы Үшаралда орын тепті.
Алакөл қорығының алғашқы директоры Серік Толғанбаевтың бастамасымен игілікті жұмыстар жасала бастады. 2000 жылы 15 қазан күні қорық ғимаратында салтанатты түрде табиғат мұражайы ашылды. Келесі жылы 15 қарашада аталмыш мұражайға Ернар Әуезовтің есімі берілді. Қорық ғимаратының ауласында 2001 жылы дендрологиялық бақтың, 2002 жылы қысқы бақтың негізі қаланды.
Серік Толғанбаев зейнеткерлікке шығып, 2002 жылы орнына Есәлі Барлықбаев басшылық етті. Ғаламдық экологиялық қор (ҒЭҚ)/Біріккен Ұлттар Ұйымының Даму бағдарламасы (БҰҰДБ) және Қазақстан Республикасы Үкіметінің «Әлемдік маңызға ие құнды сулы-батпақты алқаптарды қоныс аударатын құстардың мекендейтін орны ретінде кешенді сақтау: үш жобалық аумақта көрсету» жобасы 2004 жылдың екінші жартысынан бастап Қазақстанның әлемдік маңызға ие үш сулы-батпақты алқаптарында, соның бірі – Алакөл-Сасықкөл көлдер жүйесінде жұмыс жасап келді. Жеті жылдық жоба ҒЭҚ - дың қаржылық және техникалық қолдауымен Қазақстандағы БҰҰДБ арқылы жүзеге асырылды. Зоология, География, Ботаника және Фитоинтродукция институттарының мамандарының күшімен 2004-2005 жж қорықтың флорасы мен фаунасына зерттеу жұмыстары жүргізілді. 1998 - 2003 жж және 2004 - 2008 жж қамтитын «Алакөл қорығының еңбектері» жинағының екі томы, сондай-ақ, көптеген өзге де еңбектер, мақалалар жарық көрді.
2009 жылдан бастап мекеме директоры Мәден Жұманқұловтың басшылығымен қорық бірнеше жетістіктерге жетті. 2009 жылдың 25 қараша жұлдызында Алакөл-Сасықкөл көлдер жүйесі Рамсар конвенциясының тізіміне 1892 санымен енгізілді.
БҰҰДБ жобасының қолдауымен 2009 - 2013 жылдарға арналған Алакөл мемлекеттік табиғи қорығын Басқару жоспары әзірленді. 2009 - 2013 жж және 2013 - 2017 жж қамтитын «Алакөл қорығының еңбектері» жинағының 3 - ші және 4 - ші томдары жарық көрді.
ҚР Үкіметінің 2010 жылғы 5 қазандағы №1025 Қаулысына сәйкес Шығыс Қазақстан облысы, Үржар ауданына қарасты 45505 гектар жер қорық аумағына қосылды. 2010 - 2011 жылдары қорықтың бас ғимараты жөндеуден, оның ішінде, табиғат мұражайы күрделі жөндеуден өтті.
2013 жылы 29 мамыр күні «Алакөл биосфералық резерваты» ЮНЕСКО - ның Биосфералық қорықтардың бүкіләлемдік жүйесіне енгізілді.
2018 жылы Алакөл мемлекеттік табиғи қорығы өзінің 20 жылдық мерейтойын атап өтті.
