Алакөл көлдер маңынан «Ұлы Жібек жолы» жолдары өтетін, сол себепті бұл аймақ ерте заманнан бері қытай, араб және еуропалық көпестер мен саяхатшыларына әйгілі болған. Бірақ соған қарамастан Алакөл көлдерінің схема түріндегі картасы мен сипаттамасы тек 1722 жылы орыс офицері Н.Унковскиймен жасалды.
ХIХ ғасыр және ХХ ғасырдың бірінші жартысында Алакөл көлдері әртүрлі географтар, геологтар, топографтар, ботаниктер және гидробиологтармен бірнеше рет зерттеліп, сипатталды. Олардың ішінде А.Шренктің (1840 - 1845 жж.), А.Голубевтің (1867 ж.), В.В.Сапожниковтың (1904 - 1907 жж.), В.А.Обручевтің (1905 - 1906, 1909 жж.), Б.К.Терлецкийдің (1931 - 1940 жж.), Э.А.Сваричевскаяның (1933 ж.), К.В.Курдюковтың (1940 ж.) ғылыми-зерттеулерін ерекше атап өткен жөн.
Алакөл көлдеріне ерекше бір атап кететін экспедиция 1968 жылы ұйымдастырылды, экспедиция нәтижесінде орнитолог Е.М.Әуезов құстың жаңа түрін – көне дәуір шағаласы (Larus relictus) ашты. Ол өз алдына осы жерлерде қорықтың құрылуына негіз болды.
Жануарлар әлемі
Алакөл қорығы Қазақстандағы сулы - батпақты құстардың негізгі ұя салатын, түлейтін және миграция кезінде тоқтайтын ең ірі орындарының бірі болып табылады. Мұндағы аңдардың басым бөлігін құстар мен балықтар алып отыр.
Алакөл қорығының құстар фаунасы 330 түрімен берілген, оның ішінде 133 түрі қорық аумағында тұрақты ұя салады. Қорық суайдындарында негізінен қасқалдақ, үлкен суқұзғыны, қызылтұмсық сүңгуір, сұр қаз, үйректер, өгізшағала, көл шағаласы, аққұтан, көкқұтан, сыбырлақ аққу, сарыала қаз, ұзын сирақ балшықшы, өзен және үлкен қарқылдағы, бақылдақ құтан, үлкен сұқсыр, үлкен және қасқа шалшықшы сияқты құстар түрі көптеп кездеседі. Соңғы екі жылда Алакөл – Сасықкөл көлдер жүйесі үшін жаңа түр болып есептелетін кіші суқұзғыны кездесіп отыр.
Қызыл Кітапқа енгізілген, сирек және жоғалып бара жатқан құс түрлерінің 16 түрі тіркелген, олар: көне дәуір шағала, қарабас өгізшағала, алакөз сүңгуір, Бұйрабас бірқазан, қызғылт бірқазан, сұңқылдақ аққу, жалбағай, ақбас үйрек, қара дегелек, аққұйрықты су бүркіті, дуадақ, жорға дуадақ, безгелдек, ақбас тырна, сұр тырна, үкі. Алакөл көлінің Орта Аралтөбе аралында Қазақстандағы қарабас өгізшағаланың ең ірі отары ұя салады. Осы аралда Алакөл қорығының мақтанышы көне дәуір шағаласы да ұялайды. Казіргі кезде көне дәуір шағаласының жеті мемлекетте мекен ететіні, соның ішінде Қытай, Монғолия және Қазақстанда ғана тұрақты ұя салатыны белгілі болып отыр. Сонымен қатар Алакөл өңіріне 500-ден 700-ге жуық дуадақтардың қыстауға жиналатыны белгілі.
Қорықта аса көп емес болып сүтқоректілердің түрлері тіркелген. Алакөл ойпатында кездесетін 68 түрінен қорық аумағында 34 ғана мекендейді. Оның ішінде басым көпшілігі шөлді аймақтың кеміргіштері болып келген. Қорық аумағы үшін сүтқоректілерден маңыздысы ретінде қабан, түлкі, борсық, елік, қоян, ондатр және қасқыр жатады.
Алакөл-Сасықкөл көлдер жүйесінде кездесетін 22 балық түрінің қорықта 18 түрі мекендейді. Оның ішінде 9 түрі жергілікті болып есептеледі, сонымен қатар оның ішінде Балқаш – Алакөл ойпатының эндемиктері болып балқаш алабұғасы мен балқаш қарабалығы кездеседі.
Алакөл ойпатында бауырмен жорғалаушылардың 24 (1 тасбақа, 8 жылан, 14 кесіртке) түрі таралған, соның ішінде қорық аумағында 10 (4 кесіртке, 6 жылан) түрі кездеседі, ол түр құрамының 41,7 пайызын құрайды.
Бүкіл ойпатта кездесетін қосмекенділердің 2 (көл бақасы және даната құрбақасы) түрінен екеуі де қорықта кездеседі. Оның ішінде даната құрбақасы ҚР Қызыл Кітабына енгізілген.
Алакөл қорығы аумағындағы жәндіктердің 297 түрі белгілі, соның ішінде 9 түрі Қызыл Кітапқа енген. Олар мыналар: Қысқақанатты Боливария дәуіті, Дала шегірткесі, Қоңырқанатты шекшек, Дамалаканта Вакка, Жирен гоплит, Дала сколиясы, Көрнекті шоқпарқарынды инелік, Әдемі қыз инелік, Әмірші инелік.
Өсімдіктер әлемі
Алакөл қорығының территориясы Жоңғар және Солтүстік тұран шөлдер арасындағы шекара зонасында жатқан Алакөл ойпатының орталық төменгі бөлігінде орналасқан.
Қазіргі таңда өсімдік жамылғысының жоғарғы топтағы 286 түрі тіркелген, олар 61 тұқымдастығына және 188 тобына жатады. Төменгі топтағы өсімдіктер түрі 2 түрімен берілген. Өсімдік жамылғысы негізінен 8 тұқымдастықтарымен берілген, олар: Алаботалылар, Күрделігүлділер, Дәнділер, Бұршақтылар, Кіресгүлділер, Өлеңділер, Қарақұмықтылар және Раушангүлділер. Бұл 169 өсімдік түрі, бүкіл флораның 58,9%-н құрайды. Негізгі топтардың 6 түрі берілген: жусан, алабота, сора, көкпек, тал және жыңғыл. Олар бүкіл флораның 17,3 %-н алып отыр. Флора құрамында жусан, көкпек, сора, және сораң сиякты өсімдіктердің басым болуы шөлді ценофлорасының белгісі. 1 түрі Ақ тұңғиық Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген.
