Алакөл көлдер маңынан «Ұлы Жібек жолы» жолдары өтетін, сол себепті бұл аймақ ерте заманнан бері қытай, араб және еуропалық көпестер мен саяхатшыларына әйгілі болған. Бірақ соған қарамастан Алакөл көлдерінің схема түріндегі картасы мен сипаттамасы тек 1722 жылы орыс офицері Н.Унковскиймен жасалды.
ХIХ ғасыр және ХХ ғасырдың бірінші жартысында Алакөл көлдері әртүрлі географтар, геологтар, топографтар, ботаниктер және гидробиологтармен бірнеше рет зерттеліп, сипатталды. Олардың ішінде А.Шренктің (1840 - 1845 жж.), А.Голубевтің (1867 ж.), В.В.Сапожниковтың (1904 - 1907 жж.), В.А.Обручевтің (1905 - 1906, 1909 жж.), Б.К.Терлецкийдің (1931 - 1940 жж.), Э.А.Сваричевскаяның (1933 ж.), К.В.Курдюковтың (1940 ж.) ғылыми-зерттеулерін ерекше атап өткен жөн.
Алакөл көлдеріне ерекше бір атап кететін экспедиция 1968 жылы ұйымдастырылды, экспедиция нәтижесінде орнитолог Е.М.Әуезов құстың жаңа түрін – көне дәуір шағаласы (Larus relictus) ашты. Ол өз алдына осы жерлерде қорықтың құрылуына негіз болды.
Жануарлар әлемі
Қорық аумағында 19 отрядтан құралған, 55 тұқымдастан тұратын құстардың 335 түрі кездеседі. Оның ішінде 162 түрі ұя салады және 150 түрі көшу мен қоныс – аудару кезінде кездеседі. Ал 23 түрі ұшып өту кезінде кездеседі. Қыста қыстайтың құстардың саны 108 түрі.
Сирек және жоғалып бара жатқан құс түрлерінің 17 түрі тіркелген, олар: көне дәуір шағаласы, қарабас өгізшағала, алакөз сүңгуір, бұйрабас бірқазан, қызғылт бірқазан, сұңқылдақ аққу, жалбағай, ақбас үйрек, қара дегелек, аққұйрықты су бүркіті, дуадақ, жорға дуадақ, безгелдек, ақбас тырна, сұр тырна, үкі, қарабай.
Қорықта сүтқоректілердің 37 түрі мекендейді, оның ішінде басым көпшілігі шөлді аймақтың кеміргіштері болып келген. Қорық фаунасының маңызды түрлері қабан, сібір елігі, түлкі, борсық, ондатр, құм қояны, ор қояны, қасқыр және шүйебөрі болып табылады.
Қорық суайдындарының ихтиофаунасы 19 түр болып тіркелді, оның ішінде 9 түрі аборигенді болып келген. Негізгі түрлеріне балқаш алабұғасы мен балқаш қарабалығы жатады, олар қорғауды қажет етеді. Алайда Алакөл көліндегі балқаш алабұғасының популяциясы кәсіптік түр болып қалуына мүмкіндік туғызады. Мөңке, табан, көксерке балықтары ихтиоценоз өнімділігін анықтауға мүмкіндік береді.
Қорық аумағында бауырмен жорғалаушылардың 10 түрі кездеседі (4 кесіртке түрі, 6 жылан түрі). Қосмекенділердің 2 (көл бақасы және даната құрбақасы) түрі кездеседі. Оның ішінде Певцов құрбақасы ҚР Қызыл Кітабына енгізілген.
Алакөл қорығы аумағындағы жәндіктермен басқа негізігі омырқасыздар түрлері әлі күнге дейін зерттелу барысында. Қазіргі таңда қорық аумағы үшін буынаяқтылардың 397 түрі белгілі, оның ішінде 387 түрі жәндіктер, 5 өрмекші тәрізділер және 5 түрі шаян тәрізділер. Сонымен қатар жәндіктердің 9 түрі ҚР Қызыл Кітабына енгізілген.
Өсімдіктер әлемі
Алакөл қорығының территориясы Жоңғар және Солтүстік тұран шөлдер арасындағы шекара зонасында жатқан Алакөл ойпатының орталық төменгі бөлігінде орналасқан.
Алакөл қорығының аумағы үшін 2025 жылғы жағдайына жоғарғы топтағы өсімдіктердің 291 түрі және төменгі топтағы 2 түрі тіркелген. Олар 60 тұқымдастыққа және 192 топқа жатқызылған. Өте сирек кездесетін және эндемикті өсімдік түрлер тобына 9 түрі жатады: айғыр жуа, ақ тұңғиық, сары сугүл, бақа сукөрігі, жүзгіш шыбынсалы, алтай қызғалдағы, тораңғы, зайсан сексеуілі, саржау. Ақ тұңғиық Қазақстанның Қызыл Кітабына енгізілген.
