Алакольские озера, мимо которых пролегала одна из ветвей Великого шёлкового пути, были известны китайским, арабским и европейским купцам и путешественникам еще в глубокой древности. Однако описание и схематическая карта Алакольских озер впервые сделаны только в 1722 г. русским офицером Н. Унковским.
В течение ХIХ и первой половине ХХ века Алакольские озера неоднократно посещались и обследовались географами, геологами, топографами, ботаниками, гидробиологами. Среди них следует отметить исследования А. Шренка (1840-1845 гг.), А. Голубева (1867 г.), В.В. Сапожникова (1904-1907 гг.), В.А. Обручева (1905 - 1906, 1909 гг.), Б.К. Терлецкого (1931 - 1940 гг.), Э. А. Сваричевской (1933 г.), К. В. Курдюкова (1940).
В 1968 году на Алакольские озера была организована экспедиция, которая привела к сенсационному орнитологическому открытию Е.М.Ауезовым нового вида птицы - реликтовой чайки (Larus relictus). Это и стала отправной точкой идеи о необходимости организации здесь заповедника, которая осуществилась лишь спустя 30 лет!
Животный мир
Алакольский заповедник является крупнейшим в Казахстане резерватом гнездящихся водно - болотных птиц, местом их массовой линьки и важнейшим местом миграционных остановок. Здесь подавляющее большинство животных приходится на долю птиц и рыб.
Фауна птиц заповедника насчитывает 330 видов, из них гнездится 133 вида. Обычными на всех водоемах заповедника являются лысуха, большой баклан, красноносый нырок, красноголовая чернеть, серый гусь, огарь, серая утка, хохотунья, большая белая цапля, серая цапля, кваква, большая поганка, лебедь-шипун, озерная чайка, большой и средний кроншнеп, ходулочник, чеграва, речная и черная крачка и др. В последние 2 года стал встречаться новый вид для Алаколь – Сасыккольской котловины – малый баклан.
Из редких и исчезающих видов птиц, занесенных в Красную Книгу в заповеднике зарегистрировано 16 видов. Это - реликтовая чайка, черноголовый хохотун, белоглазая чернеть, кудрявый пеликан, розовый пеликан, лебедь-кликун, колпица, савка, черный аист, орлан-белохвост, обыкновенная дрофа, стрепет, дрофа-красотка, журавль-красавка, серый журавль, филин. На острове Орта Аралтобе оз. Алаколь гнездится одна из крупнейших колоний в Казахстане - черноголового хохотуна. Особого внимания заслуживает колония реликтовой чайки – гордости Алакольского заповедника, которая также гнездится на острове Орта Аралтобе. К настоящему времени подтверждено обитание этой чайки в семи странах, но лишь в трех из них: в Китае, Монголии и Казахстане она регулярно гнездится. Также на зимовку со всех близлежащих стран в окрестностях Алаколя собираются до 500 - 700 особей обыкновенной дрофы.
Значительно беднее в заповеднике представлены млекопитающие. Из 68 видов, встречающихся в Алакольской котловине зверей для заповедника известно только 34. Из которого наиболее богато и разнообразно представлены грызуны пустынного комплекса и обитатели водно-болотных угодий. А к ключевым видам, имеющим достаточно значимое положение в фауне заповедника, мы относим – кабана, косулю, лисицу, барсука, ондатру, зайца-толая и волка.
Ихтиофауна водоемов насчитывает 22 вида, обитающих на Алаколь-Сасыккольской системе озер, на водоемах заповедника встречается 18 видов, из них 9 видов являются представителями аборигенной ихтиофауны. Ключевыми видами являются балхашский окунь и балхашская маринка, как виды, нуждающиеся в охране. Хотя популяция балхашского окуня в Алакольских озерах позволяет оставаться промысловым. А такие виды как лещ, карась, судак позволяют определять продуктивность ихтиоценоза.
Богатая и разнообразная герпетофауна Алакольской котловины представлена в заповеднике лишь десятком видов. Так, из 24 видов рептилий (1 вид черепах, 8 видов змей, 14 видов ящериц) в заповеднике найдено только 10 (4 вида ящериц, 6 видов змей), что составляет менее половины видового состава.
Амфибии в регионе представлены двумя видами (озерная лягушка и данатинская жаба), в пределах заповедника обитают оба вида. Из них данатинская жаба включена в Красную Книгу РК.
Известны 297 видов насекомых, из них 9 видов занесены в Красную книгу Казахстана: Булавобрюх заметный, Красотка девушка, Дозорщик император, Гоплит рыжий, Сколия степная, Дыбка степная, Кузнечик темнокрылый, Боливария короткокрылая, Дамалаканта вакка. На водоемах заповедных территорий обитают 18 видов рыб, в том числе аборигенными считаются 9 видов.
Растительный мир
Вся территория заповедника расположена в центральной части Алакольской впадины, которая находится в переходной зоне между Джунгарским и Северотуранским типами пустынь.
На сегодняшний день зарегистрировано 286 видов высших сосудистых растений. Они относятся 61 семействам и 188 родам. Флора низших растений представлена 2 видами. Растительный покров территории заповедника в основном представлен 8 семействами: Маревые, Сложноцветные, Злаковые, Бобовые, Крестоцветные, Осоковые, Гречишные и Розоцветные. Это 169 вида растений, которые составляют 58,9% всей флоры. Представители ведущих родов только 6, это – полынь, марь, сведа, лебеда, ива и гребенщик. Они составляют всего 17,3% всей флоры. Обилие в составе флоры полыней, в том числе и полукустарничковых видов, а также представителей родов сведы, лебеды, солянки свидетельствует о наличии значительного ядра пустынной ценофлоры. 1 вид занесен в Красную книгу Казахстана. Это – кувшинка белая.
