По инициативе ученого-орнитолога Е.М.Ауезова в целях сохранения мест обитания реликтовой чайки в 1971 году был создан заказник «Реликтовая чайка». Это были первые шаги в деле охраны природы родного края. Идея создания на Алаколе заповедника в научной среде существовала давно. Организация заповедника была рекомендована ВНИИ природы МСХ СССР и Академией наук КазССР еще в 1980 году. Создание заповедника было запланировало на 1986 г. и по первоначальному плану его площадь была 120 тыс. га. Однако, по ряду причин оно неоднократно откладывалось. Согласно Постановлению Правительства РК от 14 июля 1993 года «О мерах по развитию государственных заповедников и национальных парков в Республике Казахстан до 2005 г.» в числе пяти заповедников и одного национального парка, подлежащих первоочередной организации, был и Алакольский заповедник. 13 марта 1996 года была создана временная исполнительная дирекция Алакольского заповедника. Долгожданное решение об организации заповедника было принято весной 1998 г. спустя 30 лет после того, как Ернар Мухтарович открыл миру реликтовую чайку.
Постановлением Правительства Республики Казахстан от 21 апреля 1998 года №355 был организован Алакольский государственный природный заповедник в целях сохранения природных комплексов, животного и растительного мира дельты реки Тентек и уникальной популяции реликтовой чайки на островах озера Алаколь.
Под началом первого директора Серика Амирхановича Толганбаева и усилиями всех других сотрудников был заложен прочный фундамент нового заповедника. Начались осуществляться охранные и научно - исследовательские, культурно-просветительские мероприятия. 15 октября 2000 г. торжественно был открыт Музей природы, а 15 ноября следующего года музею было присвоено имя Ернара Ауезова. В 2000 - 2002 годах были заложены дендрарий редких и декоративных растений и деревьев вокруг административного здания и зимний сад из комнатных растений, под который отведена комната на втором этаже здания.
В 2002 году С.Толганбаев вышел на пенсию, и его место занял Е.Барлыкбаев. Со второй половины 2004 г. началась реализация проекта ГЭФ/ПРООН/Правительства РК «Комплексное сохранение приоритетных, глобально - значимых водно-болотных угодий как мест обитания перелетных водоплавающих птиц» на Алаколь - Сасыккольской системе озер. Семилетний проект был реализован при финансовой и технической поддержке ПРООН в Казахстане. Силами специалистов институтов Зоологии, Географии, Ботаники и Фитоинтродукции в 2004 - 2005 гг. были проведены исследования флоры и фауны заповедника.
Были изданы 2 тома «Трудов Алакольского заповедника», охватывающие период с 1998 по 2003 гг. и 2004 - 2008 гг.
Под руководством директора М.С.Жуманкулова с 2009 года заповедник удостоился многих достижений. 25 ноября 2009 года Алаколь - Сасыккольская система озер вошла в Рамсарский список водно - болотных угодий мирового значения под номером 1892. В рамках проекта ПРООН был подготовлен План управления Алакольским заповедником на 2009 - 2013 гг. Также, был издан 3-ий том «Трудов Алакольского заповедника», охватывающий период 2009 - 2013 гг.
Согласно Постановлению Правительства РК от 2010 г. №1025 Алакольскому заповеднику были присоединены 45505 га земель Урджарского района Восточно-Казахстанской области. В 2010 - 2011 гг. было отремонтировано административное здание заповедника, в том числе Музей природы прошел капитальный ремонт.
29 мая 2013 года казахстанская номинация «Биосферный резерват Алаколь» был включен во всемирную сеть биосферных заповедников ЮНЕСКО.
