Қазіргі таңда Алакөл қорығының аумағы 65672 га жерді құрайды, оның ішінде 17877 га Жетісу облысының Алакөл ауданында және 47795 га Абай облысының Үржар және Мақаншы аудандарының аумақтарында орналасқан.
Қорық аумағы Алакөл ойпатын шашыранды түрде алып жатыр. Осыған байланысты қорық аумағын географиялық тұрғыдан төмендегідей бес телімге бөліп қарастырамыз:
- Тентек өзенінің атырауы
- Сасықкөл көлінің солтүстік жағалауы және Мыңкөл көлдер жүйесі
- Еміл өзенінің төменгі ағысы
- Кіші Алакөл шығанағы және Жалаңашкөл көлінің шығыс жағалауы
- Алакөл көліндегі Үлкен, Орта және Кішкене Аралтөбе аралдары
Тентек өзені атырауы
Тентек өзені атырауы ерекше аңдары мен өсімдігі бар эталонды телім. Сулы - батпақты алқаптың 17423 га жерін алып жатыр, мұнда отарлық құстардың және су және су маңын мекендейтін құстардың ең негізгі және маңызды ұя салу және көбейу аймағы орналасқан. Атырау Тентек өзенімен құрылады, Сасықкөл көлінің оңтүстік жағалауына ну қамыс және қоғамен жабылған кіші-гірім көлдер, тармақтар, батпақтанған ойыстар құрап күрделі жүйе болып құяды. Тентек өзенінің негізгі ағысы төменгі ағысында екі арнаға бөлініп кетеді, ол оңға қарай Тұйықсу тармағы болып, ол өз алдына ары қарай Онағаш, Жылыкөл, Опытное, Үлкен және Кіші Қаратентек, Долгая курья сияқты кіші көлшіктерді құрайды және сол жағына қарай Байбала, Қарамойын көлшіктерін құрайтын жеке тағы бір тармағы болып.
Кіші Алакөл шығанағы және Жалаңашкөл көлінің шығыс жағалауы.
Бұл аймақты екіге бөліп қарастырамыз, өйткені арасы жақын болғанымен екі бөлек көлдер. Кіші Алакөл шығанағы Алакөл көлінің оңтүстігінде жіңішке құмды мүйіс арқылы бөлінген көлшіктер жүйесімен және тау етегінде жатқан тасты шөлдермен берілген. Бұл аймақ су және су маңын мекендейтін құстардың ұя салу, түлеу және олардың көшіп қону уақытында жиналу орны болып табылады. Ал тиіп жатқан жоңғар тектес тасты шөлдері дуадақ түрлерінің, ақ бас тырнаның, дала бүркітінің меке ету орны. Сонымен қатар осы жерлер балықтың негізгі уылдырық шашу және қабан, елік, ондатр сияқты сүтқоректілердің мекені. Жалаңашкөл көлінің шығыс жағалауына, аты айтып тұрғандай Жоңғар қақпасының шөлдерін қоса Жалаңашкөл көлінің шығыс жағалауы жатады. Мұнда Алакөл қорығының ең шөлді аймағы орналасқан. Осы жерлерде ғана жергілікті ихтиофаунасымен көне дәуір тораңғының шағын ормандары сақталып қалған.
Еміл өзенінің төменгі ағысы.
Бұл аумақ Алакөл көлінің шығыс жағалауында Еміл өзені атырауы мен Еміл және Шағантоғай өзендерінің арасындағы шөлді жерді алып жатыр. Алып жатқан аумағы 1118 га. Ландшафты негізінен құмды сілемдермен, жайылма алқаптағы тоғайлармен, ну қамыстармен және атыраулық көлшіктермен берілген. Еміл өзенінің төменгі ағысы Алакөл көліндегі балықтардың негізгі уылдырық шашу орны болып табылады. Сонымен қатар құстардың көктемгі және күзгі көшіп-қону кезіндегі негізгі тамақтану орны.
Алакөл көлінің Үлкен, Орта және Кішкене Аралтөбе аралдары.
Үш арал Алакөл көлінің солтүстік-шығысында, ең терең бөлігінде орналасқан. Олар бір біріне жақын ұзындығы 17 шм созылған аралдар тобын құрайды. Оңтүстік жағалауынан 30 - 40 шм, батыс жағалауынан 40 - 50 кш және шығыс жағалауынан 14 - 15 шм қашықтықта жатыр. Аралдық таулар біртіндеп төмендейтін жартылай шөлді өсімдік жамылғысымен жабылған террасалы тау кертпештерімен айналдыра қоршалған. Етегі сортаңды және саздақты қиыршықтасты - малтатасты болып келген. Ұсақ қиыршықтасты және малтатасты жағалаулық белестері, сонымен қатар ашық жағажайы бар жіңішке құмды мүйіс арқылы бөлінген көптеген көлшіктер кездеседі. Жыл сайын аралдың жағалаулық пішіні өзгеріп тұрады, өйткені көктем айларында ағынмен келетін үлкен мұздықтардың әсеріне түседі. Аралдар өгізшағала, қарабас өгізшағала, үлкен суқұзғыны, көне дәуір шағаласы, үлкен қарқылдақ, өзен қарқылдағы, татрең қарақас, қарала балшықшы сияқты ерекше отарлық құстардың ұя салу орны болып табылады.
Сасықкөл көл жағалауының солтүстігі және Мыңкөл көлдер жүйесі.
Аумақ Сасықкөл көлінің солтүстік, солтүстік - шығыс және шығыс бөлігін алып жатыр. Құрлық және су экожүйесінен тұрады. Мұнда ландшафт негізінен Сасықкөл көл жағалауы бойымен созылған сортаңды шөлдермен және көптеген тармақтармен өзара қосылатын атыраулық көлдермен берілген. Осы аумақтың құрлық экожүйесі дуадақ түрлерінің көбейуі және күзгі шоғырлану мекені. Ал су экожүйесі балықтардың уылдырық шашу және су және су маңын мекендейтін құстардың ұя салу, түлеу, көшіп - қону кезінде шоғырлану орны болып табылады. Қазіргі таңда Мыңкөл көлдер жүйесі Алакөл - Сасықкөл көлдер жүйесіндегі қызғылт бірқазанның жалғыз ғана ұя салу орны болып отыр.
