Алакөл қорығының аумағы тегіс жазықтықты жер бедерімен ерекшеленеді және негізінен физикалық үгілу және тұздану процесстерінің нәтижесінде тасты, сорды шөлді ландшафттарымен берілген. Әсіресе, тұздану процессі тегіс, көлді жазықтығында, Сасықкөл көл жағалауының солтүстігі мен оңтүстігінде кеңінен орын алады.
Тентек өзені төменгі ағысында аллювиальді жазықтығы көлді - аллювиальді жазықтығымен ауысады. Жазықтық беті көлге қарай ылдиланып келген, қатты батпақтанған, қамыспен жабылған кіші-гірім ұсақ, суға толы көлшіктермен берілген. Мұнда негізінен өзен арнасының шайылуы және тереңдеуі сияқты эрозионды процесстер жүреді.
Алакөл ойпаты өзінің құрылымы бойынша күрделі, ол өзінің жас жарылымдарындағы тік кертпештерінің болуымен ерекшеленеді. Осындай кертпеш солтүстіктен батысқа қарай өтеді, сонымен қатар жарылым үстінен жақпартас бүйірі өтеді, ол Алакөл, Сасықкөл көлдеріндегі аралдар түрінде және Қошқаркөл көлімен Сасықкөл көлі арасындағы төбелер түрінде жер бетіне шығып жатыр.
И.В.Мушкетов (1905) гипотезасы бойынша Балхаш - Алакөл ойпаты үштік дәуірде теңіз түбі болған, Бұлар Балхаш, Сасықкөл, Алакөл және Қытайдағы Ебінұр көлдері болып үштік дәуірден кейін бөлінген, оның ойы бойынша бұл көлдер ежелгі үштік теңіздің қалдықтары. Көлдердің қазіргі кездегі келбеті және ландшафты соңғы мұздану дәуірінде пайда болған.
