Алакөл өңірінің климаты континентальді, тропикалық шөлдерге тән құрғақ жазымен және қары аз, желді, суық қысымен ерекшеленеді.
Ауа температурасы. Орташа жылдық температурасы 6,9-8,80С көлемінде тербеледі, сонымен қатар абсолюттік максимум +420С және абсолюттік минимум - 460С-ді құрайды. Соңғы жылдары Алакөл ойпатында ауа-райының жылынуы бақыланып отыр, қыс мезгілінде жылымықтар мен қоса жауын – шашын жиі тіркеліп келеді, бұндай ерекшеліктер ерте уақытта орын алмаған болатын. Орташа температурасы 00 С-тен асатын жылы мезгілдердің ұзақтығы 8-8,5 айға созылады.
Жауын-шашын. Алакөл ойпаты өзінің құрғақшылығымен ерекшеленеді. Мұнда атмосфералық жауын-шашын мөлшері әр мезгілде әр түрлі болып жауады. Жауын - шашынның ең көп түсуі сәуір мен мамыр және қараша мен желтоқсан айларына келеді. Алғашқы қар қазан айының аяғы мен қараша айының басында бақыланады. Қардың орташа қалыңдығы 8-20 см, кей жылдары 100-135 см-ге дейін жетеді.
Жел. Ойпаттың негізгі ерекшеліктерінің бірі болып солтүстіктен және шығыстан соғатын желдер. Бірақ жаз мезгілінде солтүстік-шығыстан соғатын желдер азая түсіп, батыс және оңтүстік – батыс желдері күшейе түседі. Бұл өңірде негізінен Жоңғар қақпасынан соғатын «Ебі» желімен және оған қарама қарсы соғатын «Сайқан» желі қатты болады. Осы қатты желдер қыс мезгілінде қатты қарлы боранға, жылы мезгілде шаңды боранға және Алакөл көлінде қатты дауылдарға алып келеді.
