Қорық аумағы тарихи қалыптасқан сулы – батпақты кешен, ол өзінің тұрақты гидрологиялық режимімен және ерекше гидрофлорасымен және гидрофаунасымен сипатталады.
Қорықтың негізгі аумағының бірі болып Тентек өзенінің атырауы табылады, оның ауданы 295 км2, Сасықкөл көлінің оңтүстік жағалауында Тентек өзенімен құрылған. Сонымен қатар біздің шекарамыздан тыс Тарбағатай жоталарынан бастау алатын Еміл өзені бар. Қазақстан аумағымен 102 шақырым ағып, құмды алқаптарды қиып өтіп, Алакөл көлінің шығыс жағынан құйып, шағын атырау құрайды. Сол құрылған атырау қорық аумағына кіреді.
Қорық үшін аса маңызды 4 ірі көл орын алады, олар - Сасықкөл, Қошқаркөл, Алакөл және Жалаңашкөл. Бұл көлдер тектоникалық, ежелгі Алакөл ойпатының ең төменгі бөлігін алып жатыр. Алакөл көлдерінің негізгі ерекшелігі күшті жер асты және артезиан суларымен қоректенуінде.
Алакөл көлі – көлдердің ішіндегі ең ірісі, ол солтүстік – батыстан оңтүстік - шығысқа созылған. Республикамыздағы көлдердің ішіндегі көлемі жағынан екінші орын алатын терең, тұйық көлдің бірі. Көлде қорық аумағына кірген бірнеше аралдар орналасқан. Ұзындығы 104 шақырым, ені 52 шақырым, ең терең жері 54 метр, су көлемі 58560 млн. м3.
Сасықкөл көлі – Алакөл ойпатының ең шеткі солтүстігінде орналасып, көлемі жағынан екінші орынды алып, шығыстан батысқа созылған біркелкі таяз суайдынға жатады. Ұзындығы 49,6 шақырым, ені 19,8 шақырым, тереңдігі 4,7 метр, су көлемі 2434 млн. м3.
Қошқаркөл көлі – көлемі жағынан үшінші орынды алып, Алакөл мен Сасықкөл көлдерінің ортасында орналасады. Ұзындығы 18,3 шақырым, ені 9,6 шақырым, терендігі 5,8 метр, су көлемі 489 млн. м3.
Жалаңашкөл көлі – Алакөл ойпатының оңтүстік – шығыс бөлігінде терең тауаралық өткелінде, Жоңғар қақпасының маңында орналасқан. Алакөл-Сасықкөл көлдер жүйесінің ішінде көлемі жағынан төртінші орынды алады. Көлдің ұзындығы 8,8 шақырым, ені 6,3 шақырым, тереңдігі 3,4 метр, су көлемі 99,5 млн. м3.
