Алакөл қорығының құстар фаунасы 330 түрімен берілген, оның ішінде 158 түрі қорық аумағында тұрақты ұя салады. Қызыл кітапқа 16 түрі енгізілген, олар: көне дәуір шағаласы, қарабас өгізшағала, алакөз сүңгуір, бұйрабас бірқазан, қызғылт бірқазан, сұңқылдақ аққу, жалбағай, ақбас үйрек, қара дегелек, аққұйрықты субүркіті, дуадақ, жорға дуадақ, безгелдек, ақбас тырна, сұр тырна, үкі.
