На сегодняшний день заповедник занимает 65672 га земли, из которых 17877 га находятся в Алакольском районе области Жетысу и 47795 га в Уржарском и Маканшинском районах области Абай.
Вся территория заповедника разбросана по всей Алакольской котловине и представляет собой заповедную зону, которая географически поделена на 5 участков:
- Дельта реки Тентек
- Северное побережье озера Сасыкколь и система озер «Мынколь»
- Низовья реки Емель
- Залив Киши Алаколь и восточное побережье оз. Жаланашколь
- Острова Улькен, Орта и Кишкене Аралтобе озера Алаколь.
Дельта р. Тентек
Дельта р. Тентек Дельта реки Тентек эталонный участок со своеобразным животным и растительным миром. Здесь самое богатое водно - болотное угодье, где сосредоточены основные колониальные поселения и важнейшие места размножения водоплавающих и околоводных птиц общей площадью 17423 га. Дельта приурочена к южному побережью оз. Сасыкколь и образовано рекой Тентек, которая в своих низовьях представляет собой сложную систему проток, маленьких озер, плесов и заболоченных низин, густо заросших тростником и рогозом. Основной сток воды проходит по двум руслам – это на правую сторону по протоке Туйыксу, где она далее образовывает такие озера как Онагаш, Жылыколь, Опытное, Большой и Малый Каратентек, Долгая курья. И по протокам в левую сторону, далее образовывая такие озера как Байбала и Карамойын.
Залив Киши Алаколь и восточное побережье оз. Жаланашколь.
Этот участок необходимо рассматривать, разделив на две части, так как это два разных озера, хотя расстояние между ними сравнительно небольшое. Залив Киши Алаколь – расположен в юго-восточной части оз. Алаколь, где ландшафт представлен лагунными озерами и подгорной каменистой пустыней джунгарского типа. Территория является местом гнездованья и линьки водоплавающих и околоводных птиц, их концентрации в миграционный и послегнездовой периоды. Прилежащая обширная каменистая пустыня джунгарского типа является ценнейшим местом обитания саджи, чернобрюхого рябка, дроф, журавля-красавки и степного орла. Также являются важнейшим нерестилищем рыбы и местом обитания кабана, косули, ондатры. Восточная побережье оз. Жаланашколь – эта территория включает восточную часть оз. Жаланашколь и прилежащие пустынные участки Джунгарских ворот. Здесь наиболее аридный участок территории заповедника, представляющий исключительную ценность как единственный водоем Алаколь-Сасыккольской системы, где еще сохранилась аборигенная ихтиофауна и реликтовые туранговые рощи.
Низовья реки Емель.
Участок занимает дельту р. Емель и прилежащие песчаные массивы междуречья Емели и Шагантогая в восточной части оз. Алаколь. Занимаемая площадь 1118 га. Ландшафт представлен песчаными массивами, пойменными тугаями и дельтовыми озерками с тростниковыми зарослями. Участок является наиболее значимым местом для нереста рыб на оз. Алаколь, а также местом кормовых скоплений птиц во время осенних и весенних миграции.
Острова Улькен, Орта и Кишкене Аралтобе оз. Алаколь.
Три острова находятся на северо-восточной, наиболее глубоководной части оз. Алаколь. Они образуют подобие небольшого архипелага длиной 17 км и до 40 км в окружности. Удалены на 30 - 40 км от южного, 40 - 50 км от западного и на 14 - 15 км от восточного побережья. Островные возвышенности опоясаны постепенно снижающимися террасовидными уступами, которые покрыты разреженной полупустынной растительностью. Подножие сопок щебнисто-галечниковые с суглинками и небольшими солончаками. Вдоль берегов имеются валы из мелкого щебня и гальки, а также небольшие заливы лагунного типа с открытыми пляжами. Конфигурация береговой линии меняется почти ежегодно, так как острова каждую весну подвергаются мощному воздействию переносимой течением огромной массы льда. Острова являются уникальным местом гнездования колониальных птиц, таких как хохотунья, черноголовый хохотун, большой баклан, реликтовая чайка, чеграва, речная крачка, луговая тиркушка, кулик-сорока. На острове Улькен Аралтобе обнаружено обитание лисы и косули. А на Кишкене Аралтобе прорастает трихантемис каратавский, который является реликтом эпохи эоцена, находящийся в Алакольской котловине на северо-восточной границе ареала.
Северное побережье оз. Сасыкколь и система озер «Мынколь».
Участок расположен на северной, северо-восточной и восточной части озера Сасыкколь. Включает в себя наземную и аквальную экосистему. Сухопутная часть побережья включает тростниковые массивы и солончаковую пустыню, а аквальная часть представлена плавнево-литоральным ландшафтом с озерами дельтового типа, сообщающиеся между собой лабиринтом проток. Она является важнейшим ценнейшим нерестилищем рыбы (сазан, карась, окунь), местом гнездования, линьки и миграционных скоплений водоплавающих и околоводных птиц. Наземная часть является основным местом размножения и концентрации во время осеннего пролета дроф. На данный период система озер «Мынколь» единственное место гнездовья розового пеликана по Алаколь – Сасыкольской системе.
