Территория Алакольского заповедника отличается плоскоравнинным рельефом и широким развитием каменистых и солончаковых пустынных ландшафтов, которые образовываются в результате процессов физического выветривания и соленакопления. Особенно интенсивно процесс соленакопления протекает на плоской озерной равнине, на северных и южных побережьях озера Сасыкколь.
В нижнем течении р. Тентек, аллювиальная равнина постепенно сменяется озерно-аллювиальной равниной. Поверхность равнины едва наклонена в сторону озера, сильно заболочена, изобилует мелкими западинами, часто заполненными водой и мелкими озерами, заросшими тростником. Также в долине р. Тентек отмечаются эрозионные процессы, где наблюдаются подмывы, углубления русел.
Известно, что Алакольская впадина имеет сложное строение фундамента, характеризующееся наличием резких уступов, связанных с молодыми разломами. Такой уступ проходит в северо-западном направлении, и ребро глыбы, приподнятой над разломом, местами выступает на дневную поверхность в виде островов на озерах Алаколь, Сасыкколь, сопки на перешейке между озерами Кошкарколь и Сасыкколь.
Согласно данных геологической летописи достаточно интересна история озёр впадины, которые в третичный период представляли единый бассейн с оз. Балхаш. По-существу озёра Алаколь, Сасыкколь и Эбинор в Китае являются остатками древнего третичного моря. Постепенно происходило разделение этого единого бассейна. Вначале отделилось озеро Балхаш, а далее единый водоем центральной части Алакольской впадины распался на отдельные озёра: Алаколь, Сасыкколь и Кошкарколь. Таким образом, близкие к современным очертания озёр постепенно формировались в ксеротермический период послеледниковой эпохи.
