В соответствии со схемой почвенного районирования Казахстана Алакольская впадина относится к пустынной зоне Алакольского почвенного района Балхаш - Алакольской провинции. Почвенный покров Алакольского заповедника представлен следующими типами автоморфных зональных почв – сероземами, бурыми пустынными и серо-бурыми пустынными. Очень разнообразен набор интразональных почв. В их числе следует назвать лугово-бурые, луговые, болотно-луговые, болотные, солонцы, солончаки.
