Климат района резко континентальный с засушливым летом и сравнительно холодной, малоснежной, ветреной зимой, характерный для внетропических пустынь.
Температура воздуха. Средняя годовая температура воздуха колеблется в пределах 6,9-8,80С, при абсолютном максимуме +420С и абсолютном минимуме - 460С. За последние годы в Алакольской котловине отмечалось значительное потепление климата, сопровождаемое частыми зимними оттепелями и дождями, что не было характерно прежде. Продолжительность теплого периода со средней температурой выше 00 С составляет 8-8,5 месяца.
Осадки. Алакольская котловина характеризуется ярко выраженной засушливостью. Атмосферные осадки распределяются по сезонам года неравномерно. Максимум осадков приходится на апрель – май и ноябрь – декабрь. Первые снегопады отмечались в конце октября - начале ноября. Высота снежного покрова 8 - 20 см, в отдельные периоды выпадает до 100-135 см.
Ветер. Характерной особенностью впадины является преобладание ветров северо - восточного и смежных с ним направлений. В летний период режим ветра изменяется. В это время преобладающие в северо-восточном направлении ветры выражены слабо, что объясняется размытым барическим полем. К сильным ветрам относится «Еби», вырывающийся из Джунгарских ворот и противоположный ему «Сайхан». Сильные ветра зимой образуют сильные метели, в теплое время года вызывают пыльные бури и штормовые волны на озере Алаколь.
