На оз. Алаколь есть заповедные три острова: Киши, Орта и Улькен Аралтобе - бастионы неприступности, таинственно темнеющие вдалеке озерной глади. Согласно закону об ООПТ РК посещение данных островов строго запрещается, особенно в гнездовой период, чтоб не создать фактор беспокойствия для птиц. Исключение остров Киши Аралтобе, где было разрешено посещение острова с целью экотуризма.
На заповедных островах постоянно ведется мониторинг и охрана, с целью сохранения и изучения биоразнообразия в весенне-летний период. Птичий базар начинает оправдывать своё название издали. Вначале на расстоянии, всё его неугомонное население представляется какой-то единой, шевелящейся живой массой. Приближаясь, он распадается на отдельные "картинки". Гомонящие чёрные птенцы бакланов, с их извивающимися змеиными шеями, напоминают адскую клумбу, над которой, словно беспокойные души, хаотично мечутся белоснежные чайки и крачки. И лишь осторожно приблизившись вплотную, начинаешь понимать, что все эти ковры и клумбы состоят из тысяч отдельных персонажей, каждый со своим характером, амбициями и запросами. От пребывания на краю птичьего базара ощущение потрясающее. Вокруг пищат, гомонят, квакают, истошно орут и требуют корма сотни разновозрастных птенцов – от только что вылупившихся пуховиков, до почти уже взрослых, но ещё не поднявшихся на крыло хлопунцов. У одних видов молодые птицы уже покинули свои гнезда, а где-то - только что вылупились птенцы или еще находили яйца. Например, речная крачка только начала откладывать яйца в небольшое углубление в скалистой почве, чтобы они не раскатывались. И всё это вперемежку, всё шевелится, возмущается, пугает, разевает клювы, пытается ущипнуть, сбивается в кучи! В это время на острове слышен гомон нескольких тысяч птенцов, постоянно требующих от своих родителей еды. Не дождавшись, пищи, некоторые из них покидают свои гнезда и бродят по береговой кромке в поиске корма. Заслышав шум или заметив человека, птенцы устремляются к воде или замирают в окружающей их растительности.
Хотя переоценивать такую межвидовую дружбу в природе не следует – известно, что даже во время этой идиллии возникает межвидовая конкуренция, часто заканчивающаяся плачевно не только для яиц, но и для уже вылупившихся птенцов. Однажды мы стали свидетелями каннибализма у чайки - хохотуньи, которая во время сильного шторма вынуждена заклевывать не только птенцов и яйца других видов (большого баклана, черноголового хохотуна), но и представителей своего вида - хохотуньи. Ценой жизни собратьев она пытается поддержать пропитание и выживание своего потомства. Любое постороннее вмешательство в жизнь пернатых во время гнездования способно привести к необратимым последствиям. Поэтому данные острова можно еще назвать и заповедными с особым режимом охраны.
Следует отметить, что в ходе выполнения рабочей программы Алакольского заповедника на островах постоянно обновляются оповещающие знаки – «Особо охраняемая природная территория Алакольского заповедника, Заповедные острова». Кроме того, в мае-июне, проводятся учеты гнездящихся птиц: о. Улькен Аралтобе – 30 видов, общей численностью 1278 гнездовых пар, а на о. Орта Аралтобе - 13видов, общей численностью 30206 особей. Из них в Красную книгу Казахстана и МСОП внесены 4 вида: реликтовая чайка, кудрявый и розовый пеликан, черноголовый хохотун. Но жемчужина Алакольского заповедника - о. Орта Аралтобе, места гнездования реликтовой чайки - 12 взрослых и 9 молодых особей уже поднявшихся на крыло, итого 21 особь (места гнездования Китай, Монголия и Казахстан).
