Фауна птиц Алакольского заповедника насчитывает 330 видов, из них гнездится 158 видов. В Красную Книгу занесено 16 видов. Это - реликтовая чайка, черноголовый хохотун, белоглазая чернеть, кудрявый пеликан, розовый пеликан, лебедь-кликун, колпица, савка, черный аист, орлан-белохвост, обыкновенная дрофа, стрепет, дрофа-красотка, журавль-красавка, серый журавль, филин.
