Эффективная пропаганда природоохранных и экологических знаний немыслима без демонстрации охраняемых объектов. Большую помощь в этом играют музейные коллекции и экспозиции. Поэтому по инициативе научного отдела в 1999 г. начато создание музея природы. Торжественное открытие музея состоялась 15 октября 2000 г. Музей быстро завоевал популярность среди жителей, и особенно среди школьников региона. На XVIII внеочередной сессии Алакольского районного маслихата 15 ноября 2001 года было принято решение о присвоении имени Ернара Мухтаровича Ауезова (28.11.1943-28.05.1995 гг.). Этим решением увековечены заслуги известного казахстанского ученого в изучении и охране птиц Алакольской котловины.
Музей состоит из 4 комнат, где представлены различные ландшафты региона: горная местность и водно-болотное угодье с чучелами животных, обитающими в них.
Первая комната музея посвящена жизни и научной деятельности орнитолога. Семьей Ауезовых в музей были переданы библиотека и архив ученого, многие личные вещи из полевого снаряжения Ернара Мухтаровича, которыми он пользовался во время экспедиции на Алаколе.
Следующая комната посвящена Алаколь – Сасыккольской системе озер, где расположены чучела многих птиц, таких как: кудрявый пеликан, лебедь шипун, савка, большая белая цапля, серый гусь и другие. Также есть макет региона с обозначением территории заповедника.
В третьей комнате расположены чучела млекопитающих, в том числе кабана, волка, также хищных птиц. В четвертой – имеются 10 стендов, из них 7 - про растения с их описанием, 3 стенда – энтомологические, содержат коллекции насекомых. Также есть заспиртованные в бутылках 17 видов рыб.
