На территории заповедника обитает два вида копытных, кабан и косуля. Оба этих вида являются индикаторными для территории заповедника, и за ними ведутся ежегодные системные наблюдения и учеты численности.
Кабан: В ходе долгосрочного мониторинга и обследования территории заповедника было выявлено, что плотность населения и численность кабана на участках значительно отличается. Главным образом это связанно с кормовыми и защитными условиями участков. Также не маловажное влияние на численность и распределение популяции кабана оказывает уровень воды, особенно это заметно в дельте реки Тентек и участке северное побережье оз. Сасыкколь и система озер Мынколь, где во время весеннего половодья затапливается значительная часть территории и наблюдается откочевка животных на более возвышенные участки.
Так, например, в дельте реки Тентек во время весеннего половодья затапливается значительная часть территории, что приводит откочевки кабана на более возвышенные участки и вверх по течению реки, на сопредельную территорию. На участке северное побережье оз. Сасыкколь и система озер Мынколь во время весеннего затопления, нередко можно встретить кабанов в степи на расстоянии более пяти километров и по заросшему тростником руслу реки Каракол вплоть до одноименного поселка. Большое влияние на популяцию кабана высокий уровень воды оказывает и в осенне - зимнее время, при котором происходит подтопление береговой кромки основных озер и наполнение временных обильно поросших рогозом и клубнекамышом озер, подземные части которых являются основным источником корма для кабанов в зимнее время. При этом в годы с высоким уровнем воды кабаны, в поисках съедобных частей растений, часто разрушают хатки ондатры. В такие годы встречаются большое количество истощенных особей, в основном сеголеток. Значительное влияние на популяцию кабана также оказывают пожары, уничтожающие тростниковые заросли, тем самым ухудшая защитные условия территории. Некоторое влияние на численности кабана, особенно в многоснежные зимы, оказывают волки, поедающие в основном сеголеток и ослабленных особей.
Косуля: Широко распространенный вид, встречающийся почти на всех участках заповедника, в 2018 - 2025 года отмечалась даже на острове Үлкен Аралтобе расположенного в северо - восточной части озера Алаколь, почти в тридцати километрах от берега куда попала, вероятно, по льду во время миграции в зимнее время. Обитает в тростниковых и кустарниковых зарослях, по берегам проток и озер. Численность косули крайне нестабильна и подвержена значительным изменениям. По итогам долгосрочного мониторинга на территории заповедника, было выявлено, что основным фактором, влияющим на численность популяции косули, является многоснежные зимы, особенно с оттепелями, вследствие которых образуется наст, который не только усложняет добывания корма, но и серьезно затрудняет передвижение животных, приводя к глубоким порезам их ног. Значительное влияние на численность косули оказывают волки, чему свидетельствуют неоднократно встречаемые, при проведении зимних маршрутных учетов, останки туш косули съеденных волкам. Но, не смотря на все это численность косули на территории заповедника, за последние годы значительно возросла. На наш взгляд основными факторами послужили мягкие малоснежные зимы и сокращение численности волка.
Научный сотрудник Алакольского заповедника Мосин И. А.
