Государственные инспектора заповедника играют важную роль в сохранении всего биоразнообразия. И недопущение всех видов незаконных действии в отношении Закона Республики Казахстан «Об особо охраняемых природных территориях» является прямой обязанностью государственных инспекторов, которые имеют право задерживать на территории ООПТ и ее охранной зоны лиц, нарушивших законодательство и доставлять их в правоохранительные органы, останавливать транспортные и плавучие средства и производить их досмотр, изымать у физических и юридических лиц огнестрельное оружие, незаконно добытую продукцию и орудия ее добывания, транспортные и плавучие средства в порядке, установленном законодательством Республики Казахстан. Также, определять размеры ущерба, причиненного в результате нарушения и предъявлять к виновным лицам претензии о добровольном возмещении этого ущерба либо предъявлять иск в суд, составлять акты государственных инспекторов.
Государственные инспектора Алакольского заповедника ведут усиленные работы по недопущению фактов браконьерства, проводятся дневные-ночные патрульные рейды.
Также, в целях недопущения пожаров на территории заповедника и в близлежащих ее территориях инспекторами отдела круглый год проводятся разъяснительные работы среди населения в приграничных населенных пунктах, крестьянских хозяйствах и рыболовецких бригадах в различных формах: это устные беседы, раздача листовок, буклетов и предупредительных листков.
