Научная деятельность заповедника выполняется на основе статьи 41. «Порядок организации и ведения научной деятельности в государственных природных заповедниках» Закона Республики Казахстан «Об особо охраняемых природных территориях» от 7 июля 2006 года.
Штат отдела науки, информаций и мониторинга Алакольского заповедника состоит из 6-ти человек. Все сотрудники согласно должностным обязанностям являются исполнителями научных тем, по утвержденному плану научно-исследовательской работы.
Все научные темы подбирались по принципу достижения возможности комплексных исследований биотической и абиотической составляющих экосистем. Связи с этим начиная 2009 года для полного изучения экосистем, были взяты научные направления по гидробиологии и ихтиологии, поскольку мониторинговые виды орнитофауны являются бентофагами и ихтиофагами. И поскольку многие виды орнитофауны и ихтиофауны питаются представителями членистоногих, а жизнь растений напрямую зависит от наличия, либо отсутствия определенных видов насекомых, было утверждена научная тема по энтомологии. Затем начиная с 2021 года была взята тема по изучению геосистемы дельты р. Тентек. На данное время определены 7 научных тем, включая «Летопись природы».
Перспективно-тематический план научно-исследоватедьских работ был разработан сотрудниками научного отдела, и одобрен 26 июня 2020 года на №2 заседаний научно-технического совета. План рассчитан на 2021-2025 года, согласован Комитетом науки Министерства образования и науки Республики Казахстан от 09 января 2021 года под № 11/16-7 и утвержден Комитетом лесного хозяйства и животного мира Министерства экологии, геологии и природных ресурсов Республики Казахстан от 28 января 2021 года под № 27-5-6/17.
Научные темы и проводимые работы по тематике:
- Наблюдение явлений и процессов в природном комплексе Алакольского заповедника и их изучение по программе «Летописи природы» ведется согласно утвержденной методике КЛОХ от 18 апреля 2007 года №156. Здесь собирается первичный материал для «Летописи природы» с инспекторского состава и обрабатывается научными сотрудниками. По итогам 2022 года был выпущен 26 том книги «Летописи природы».
- «Инвентаризация флоры и растительности Алакольского заповедника. Инвентаризация флоры и оценка состояния растительного покрова на примере восточного побережья озера Жаланашколь и залива Малый Алаколь с применением ГИС технологии». На данный момент сделано полное описание по рельефу и по распространению растительности данного участка. Собран гербарий, который был определен и описан. На участке заложена постоянная мониторинговая точка для наблюдения за редкими видами растений, таких как туранга и саксаул зайсанский, а также дана оценка состоянию их популяций. По результатам исследования данного участка было опубликовано научная статья. Кроме обследования по тематике ведется мониторинг на 12 мониторинговых площадках за 29 индикаторными и редкими видами растений, 9 из которых являются водными по всей территории заповедника.
- «Редкие и исчезающие птицы Алакольского заповедника. Мониторинг и оценка состояния, колониально гнездящихся птиц на территории Алакольского заповедника».
Согласно утвержденным планам работ в течении года были проведены зимние маршрутные учеты целью которой является определение видового и количественного состава зимующей орнитофауны на территории заповедника. Проводился весенний учет пролетных птиц. В весенне-летний периоды ежемесячно проводились учеты по всем 8 мониторинговым участкам, с целью определения видового и количественного состава гнездящихся птиц как охотничьих, колониальных так и краснокнижных. Определены гнездящиеся пары, зафиксированы содержимое гнезд (количество яиц, птенцов). Отдельно дана оценка состоянию численности краснокнижных видов птиц, таких как реликтовая чайка, черноголовый хохотун, розовый и кудрявый пеликаны, белоглазый нырок, савка и др. Проведен осенний учет промысловых видов птиц по участкам, оценка состояния численности колониальных и индикаторных видов птиц аквальных и наземных экосистем, на территории заповедника в миграционный период. А также фиксация первых и последних встреч представителей орнитофауны для книги «Летопись Природы». По результатам исследований в 2022 году было опубликовано 2 научных статей.
- «Кадастр фоновых и индикаторных видов млекопитающих Алакольского заповедника. Динамика численности и территориальное распределение мониторинговых видов млекопитающих (кабана, косули, лисицы, ондатры и зайца-толая) на территории заповедника».
На территории заповедника по выше указанной теме были проведены следующие мероприятия: зимние маршрутные учеты и учет на мониторинговых площадках, весенний и осенний учет ондатры, учет из-под фар автомобиля животных активных в ночное время суток, учет барсука по норам и следам жизнедеятельности. Велся системный мониторинг териофауны. В ходе учетов и мониторинга была определена численность основных видов млекопитающих на территории заповедника, их места концентрации и территориальное распределение. Определены факторы влияющие на популяции мониторинговых видов млекопитающих. По результатам мониторинга было опубликовано одна научная статья.
- «Динамика измений геосистем на территорий Алакольского заповедника. Мониторинг динамики измений геосистем дельты реки Тентек».
Согласно рабочим планом в 2022 году целью наблюдения за изменением ландшафтов на территории дельты реки Тентек, по забитым точкам наблюдения вырыто 4 почвенных шруфта. В результате обследования по этим шруфтам были определены слои почвенного покрова на заложенных точках по геосистеме.
- «Оценка состояния безпозвоночных животных Алакольского заповедника. Определение видов насекомых семейства прямокрылые и организация мониторинга за ними».
В 2022 году наблюдения за безпозвоночными проводили начиная с весны, то есть с момента вылупления насекомых. Были зафиксированы фенология насекомых для «Летописи природы». В ходе полевых работ собраны и определены разные виды насекомых, в том числе и прямокрылые виды. Описана морфология, биология, экологическая характеристика и среда обитания насекомых саранчовым видам.
- «Мониторинг гидробионтов и их распределение по территории Алакольского заповедника. Распространение основных групп представителей зообентоса и их роль в питании животных аквальных экосистем».
Согласно утвержденному плану работ, по тематике гидробиологии были проведены: в зимний период времени, проводились наблюдения за заморами на водоемах заповедника, за активностью гидробионтов. Были намечены дополнительные точки сбора проб, из-за обсыхания некоторых водоемов. Проводились работы по определению мест распространения основных представителей фауны моллюсков, которых аквальные животные, а именно ондатра использует как дополнительный кормовой объект по всем основным участкам заповедника. По результатам полевых исследований опубликовано одна статья.
Для организации и ведения научной деятельности в заповеднике научные сотрудники укомплектованы необходимым полевым оборудованием: поздзорная труба, бинокль, фотоаппарат, GPS-навигатор, энтомологическое оборудование, ботанические инструменты. В наличии есть научно-техническая библиотека и научный фонд. Научный фонд пополняется ежегодно, и часть научного фонда хранится в музее, часть в лаборатории. В библиотеке заповедника 70 книг, из них 48 книг научного фонда, имеется 550 гербарных листов, 3000 цифровых фотографий, 50 видео материала, 150 экземпляров коллекции беспозвоночных и все это каждый год пополняется. Итоги научно-исследовательских работ сотрудниками отдела ежегодно освещаются в научных публикациях, монографиях и сборниках научных трудов. Электронная база ежегодно пополняется оттисками научных публикаций, копии статей хранятся в отделе и подшиваются в годовые отчеты учреждения. По итогам ежегодной научной работы по всем научным темам пишется промежуточные годовые и итоговые научные отчеты. Опубликовано свыше 100 научных статей, выпущено 4 тома книги «Труды Алакольского заповедника», а также написано 26 томов книги «Летописи природы».
В рамках выполнения научной программы: «Мониторинг водоплавающих и околоводных видов птиц Алакольского государственного природного заповедника», грантовых проектов «Трансконтинентальные миграции околоводных птиц Казахстана» седьмой год подряд проходит совместная экспедиция работниками РГП «Института зоологии КН МОН РК» и «Алакольского Государственного Природного Заповедника» на основе заключенного договора о научном сотрудничестве на острова озера Алаколь: Орта Аралтобе, Улькен Аралтобе, Кандыарал, систему озер Мынколь. Кроме того обследуется восточное, южное и западное и северо-западное побережье озера Алаколь на наличие краснокнижных видов птиц, таких как реликтовая чайка, черноголовый хохотун, кудрявый и розовый пеликан, савка и другие. Целью экспедиции в основном является определение видов и численности гнездящихся здесь околоводных птиц, их кольцевание, взятие биопроб на наличие различных вирусов. А также установление спутниковых GPS передатчиков.