Алакөл мемлекеттік табиғи қорығында биоалуантүрлілікті сақтау және табиғи экожүйелердің жағдайын бақылау мақсатында ғылыми-зерттеу жұмыстары жүйелі түрде жүргізіледі.
Қорықтың ғылыми қызметкерлері жыл мезгілдеріне қарамастан далалық зерттеулер ұйымдастырып, жануарлар мен құстар дүниесіне мониторинг жүргізеді.
Ғылыми жұмыстардың негізгі бағыттары:
Алакөл қорығы аумағындағы тораңғы (Populus pruinosa Schrenk) популяциясына мониторинг.
Алакөл қорығының сирек кездесетін және жоғалып бара жатқан су және су маңын мекендейтін құстардың қазіргі жағдайына баға беру және мониторинг жүргізу.
Алакөл қорығы аумағында қасқыр, шүйебөрі және түлкінің таралуы және санының динамикасы.
Тікқанатты тұқымдасты жәндіктердің түрлерін анықтау және оларға мониторинг жүргізу.
Алакөл қорығының ихтиофаунасының инвентаризациясы және индикаторлы балық түрлеріне мониторинг.
