Алакөл көліндегі Кіші Аралтөбе, Орта Аралтөбе және Үлкен Аралтөбе аралдары – табиғаты ерекше, құстардың ұя салатын маңызды мекендері. Бұл аралдарға, әсіресе құстардың ұялау кезеңінде, баруға қатаң тыйым салынады. Себебі адамның кез келген араласуы құстарды үркітіп, олардың ұяларын тастап кетуіне, жұмыртқалар мен балапандардың қырылуына әкелуі мүмкін. Тек Кіші Аралтөбе аралына экотуризм мақсатында баруға рұқсат етілген. Көктем-жаз айларында Алакөл мемлекеттік табиғи қорығының мамандары аралдарда тұрақты түрде бақылау және қорғау жұмыстарын жүргізеді. Аралдарға жақындаған сайын мыңдаған құстың үні естіледі. Бакландар, шағалалар, қарқылдақтар, бірқазан және басқа да су құстары балапандарын қоректендіріп, тіршілік үшін күресіп жатады. Бір жерде балапандар қанат қағуға дайын болса, енді бір жерде құстар жаңа ғана жұмыртқа басып жатады. Табиғаттағы бұл көрініс қанша әсем болғанымен, мұнда өз заңдылығы бар. Құстар арасында қорек пен ұя үшін бәсекелестік те кездеседі. Сондықтан олардың тіршілігіне сырттан араласу орны толмас зардаптарға әкелуі мүмкін. Орта Аралтөбе – Алакөл қорығының ерекше табиғи қазынасы. Бұл аралда сирек кездесетін, Қазақстанның және Халықаралық табиғатты қорғау одағының Қызыл тізіміне енген Көне дәуір шағаласының ұялайтын орны орналасқан. Қорық аумағында жүргізілген есеп бойынша: Үлкен Аралтөбеде – 30 құс түрі, 1278 жұп;
Орта Аралтөбеде – 13 құс түрі, 30 мыңнан астам дарақ тіркелген;
Көне дәуір шағаласының – 12 ересек және 9 жас құсы анықталған. Аралдарда «Алакөл мемлекеттік табиғи қорығының ерекше қорғалатын табиғи аумағы деген ескерту белгілері орнатылған.
